تتمتع الكنائس المعمدانية والرسولية الجديدة بمعتقدات متميزة متجذرة في تاريخها وفهمها الفريد للسلطة.
يؤمن المعمدانيون بالكتاب المقدس كسلطة وحيدة للإيمان والخلاص، بينما تُعلّم الكنيسة الرسولية الجديدة أن الرسل الأحياء يمتلكون السلطة النهائية.
ينظر المعمدانيون إلى الخلاص كهدية مجانية يتم الحصول عليها من خلال الإيمان وحده، في حين ترى الكنيسة الرسولية الجديدة أنه عملية تتضمن أسراراً مقدسة أساسية تديرها الكنيسة.
تعمل الكنائس المعمدانية بشكل مستقل محلياً، بينما تتبع الكنيسة الرسولية الجديدة هيكلاً هرمياً صارماً يقوده رسل معاصرون.